Há muitas diferenças entre aplicativos nativos e híbridos, mas a principal é que os apps nativos são escritos em linguagem nativa, o iOS é programado em Objective C e Swift, o Android é programado em Java e Windows Phone é programado em C#. Já os apps híbridos geralmente são programados em HTML5 e podem usar os sensores e demais funcionalidades avançadas dos smartphones.

O Maior problema de apps híbridos são as particularidades de cada plataforma, que geralmente são ignoradas.

Já o maior problema da programação nativa é o tempo de desenvolvimento, pois para cada plataforma precisamos de um código diferente.

Há uma terceira categoria de Apps que são os web apps, mas estes são bem pouco utilizados, pois não permitem o download via lojas(App stores) oficiais.

Na Aioria trabalhamos atualmente com App nativos, pois acreditamos que a melhor experiência do usuário causa uma menor rejeição ao app.

Comparativo do desenvolvimento de apps. (Fonte: https://www.linkedin.com/pulse/20140709182549-151782164-nativo-html5-ou-h%C3%ADbrido-compreenda-as-suas-opções-de-desenvolvimento-de-aplicativos-móveis)